La etapa de prosperidad que va a vivir Castilla tras la llegada al trono de los Reyes Católicos, que continuará bajo los primeros Austrias (con Carlos V sobre todo, ya no tanto con Felipe II), tendrá su parangón en Alaejos. El más claro ejemplo de este auge lo da el crecimiento poblacional: 200 vasallos/vecinos en 1452 y 1.000 en 1580.
Ciertamente, el crecimiento demográfico se sustentó en el económico. Y, fue la base y fuente de esta riqueza la especialización vinícola de su terrazgo a lo largo del dieciséis, aunque sus inicios se remonten tiempo atrás. El viñedo llegó a ocupar la mitad de las tierras en explotación, y el vino, de calidad, adquirió fama, cantada por prosistas y poetas (Cervantes,... Quevedo: «Los paños franceses/ no abrigan lo medio/que una santa bota/ de lo de Alaejos». Tanto que llegaron a adquirir privilegios para venderse, junto a los de la Tierra de Medina, allí donde otros eran prohibidos, como en la Corte. Los restantes productos sólo satisfacían la demanda interna: trigo, cebada, legumbres... Los martes, en el mercado semanal, los vecinos se abastecían de aquellos productos locales y comarcales de que carecían.
El auge económico y poblacional coadyuvó a las reformas y transformaciones paisajísticas y urbanas. El siglo XVI fue proclive a ambas, aunque no siempre fueron deseadas por los vecinos, viniendo, unas veces, impuestas por autoridades superiores y otras por circunstancias extrañas. Destaca la configuración, no definitiva, del terrazgo con sus 8.800 ha., inferior a la superficie actual (10.215 ha.) pues Valdefuentes restaba una parte. Dentro descollaban: el monte, de unas 800 ha. (había reducido sensiblemente su área a causa de roturaciones) y, algo más significativo aún, las cerca de 4.000 fanegas de aprovechamiento comunal (3.941 cuando se vendieron, habían sido objeto de enajenaciones), que se repartían cada 10 años entre los vecinos. En 1582 pasaron a propiedad privada vendidas por Felipe II. Podían distinguirse, repartidos por su término, tres ermitas, Santa Ana, San Cristóbal y Ntra. Sra. de la Visitación, y un convento de franciscanos fundado en 1572 por don Francisco de Fonseca.
Reformas urbanísticas señaladas fueron: a) La ampliación de la villa, levantando casas fuera de la muralla, dando así lugar a la formación de dos arrabales el del «pozo viejo» y el de Sta. María. Parece que el primero recogió a los mudéjares pues allí estaba la «calleja de la morería». (Desconocemos el asentamiento de los judíos, pero su existencia está documentada). b) La configuración de la plaza, para lograrlo tiraron las carnicerías viejas y levantaron otras nuevas, se empedró y se construyó el consistorio con su reloj. Y c) La construcción de las dos iglesias, que sin duda llamaron más la atención, además de dar una estampa bien diferente a la villa. Podemos concluir afirmando que las reformas urbanísticas de la decimosexta centuria configuraron el actual trazado, aunque los edificios particulares no sean hoy los mismos.
No todos fueron años felices, 1520 merece, como algún otro, el calificativo de nefasto. En este año los comuneros señorearon Alaejos, devastásdolo todo, arrasando y robando lo que pudieron: ermitas, iglesias, hospital, monte, ayuntamiento... tan sólo el castillo aguantó, dirigido por su alcaide Gonzalo Vela.
En 1595 se reorganiza el Obispado de Valladolid, Alaejos se integra en esta nueva demarcación eclesiástica dejando el de Salamanca al que pertenecía desde 1185. Mientras, en cuestiones polftico-administrativas pertenece a la provincia de Segovia.